После обращения Энакина Скайуокера к Тёмной стороне Силы канцлер Палпатин отправил сообщение всем командирам Республиканской армии клонов, в котором сообщил, что джедаи предали Республику, и приказал выполнить Приказ 66.
Клоны-коммандеры по всей Галактике направили дула бластеров на своих генералов. Оби-Ван Кеноби сорвался в пропасть, когда выстрел бластерной винтовки подбил богу, на которой джедай передвигался по планете Утапау. Магистр Ки-Ади-Мунди погиб на Майгито, безуспешно пытаясь отразить выстрелы клонов. Истребитель мастера Пло Куна был подбит во время сражения на Като Неймодии. На цветущей Фелуции рыцарь-джедай Аяла Секура упала замертво после многочисленных выстрелов в спину.
Во время выполнения Приказа 66 магистр Йода с батальоном клонов находился на планете Кашиик и помогал вуки защищать их родную планету от вторжения сепаратистской армии дроидов. Йода почувствовал гибель каждого рыцаря-джедая. Когда два клона прицелились в Йоду со спины, магистр одним ударом светового меча отрубил им головы.
Бэйл Органа покинул Корусант на своем корабле и подобрал переживших Приказ 66 Йоду и Оби-Вана Кеноби, которые решили вернуться в столицу, чтобы перенастроить передатчик в Храме джедаев и предупредить выживших членов Ордена об опасности.
